El convento se divide en dos grandes espacios: el recinto religioso y las viviendas. En cuanto al primero, forman parte de él diversas estancias como la capilla "de profundis", antiguo panteón de las clarisas, donde se conserva un artesonado mudéjar del siglo XVI.

La iglesia es la parte más noble del edificio, tratándose de un templo gótico-mudéjar de tres naves separadas por arcos apuntados, siendo la nave central más ancha y larga que las laterales, y estando coronada por un ábside poligonal. A los pies de la iglesia se encuentra el doble coro, alto y bajo, donde se encuentra la sillería nazarí, obra del siglo XIV única en su estilo.

En cuanto a la residencia conventual, está formada por diversos claustros en torno a los que se distribuyen las dependencias. Destaca, el claustro de las Madres, cuya arquería baja, del siglo XIV, conforma el claustro más antiguo de Andalucía. A su alrededor se encuentran los dormitorios, pabellón de dos plantas del siglo XVI, con artesonado renacentista, el refectorio, sala rectangular de bóveda apuntada, la cocina, que conserva una enorme chimenea del siglo XIV, la enfermería renacentista, etc.

Por lo que respecta a las obras de arte mueble, destacan obras como el retablo mayor, obra de mediados del siglo XVII de Jerónimo Velázquez; en escultura, los sepulcros de los Portocarrero, enterramientos labrados en mármol en el siglo XVI, que representan los cuerpos yacentes de 9 personas en tres solideos; el retablo de la Circuncisión del Señor, de Martínez Montañés; la Virgen del Amor Hermoso, del siglo XVI; el Niño Jesús de las Lágrimas, del siglo XVIII, obra de La Roldana; el relieve gótico inglés del Ecce Homo, del siglo XV; la Inmaculada Concepción del siglo XVIII; o el Cristo Atado a la Columna, renacentista; en pintura, la decoración pictórica de las puertas del coro, del siglo XV, el mural de San Cristóbal (s.XIV) la Anunciación del siglo XV, la Virgen Franciscana y el Descendimiento de Cristo (s.XVI), la Sagrada Estirpe (s.XVI) o la Dormición de la Virgen y el Bautismo de Cristo, ambos del siglo XVIII; en las artes suntuaras, los libros de coro del siglo XV, el conjunto de dalmáticas de los siglos XVII y XVIII, y otras obras.

Es el monumento colombino más destacado de Moguer. Su abadesa Inés Enríquez, tía del rey Fernando el Católico, apoyó el viaje descubridor en la corte y a la vuelta del viaje descubridor, Cristóbal Colón pasó la primera noche en su iglesia cumpliendo el voto realizado en alta mar cuando una tempestad estuvo a punto de hacer zozobrar la Niña.

El monasterio está catalogado como Monumento Nacional desde 1931.